2-11 روش‌های آماری تجزیه تحلیل تنوع ژنتیکی 21

2-12 تجزیه خوشه‌ای 21

2-13 تجزیه به مختصات اصلی 23

2-14 نشانگرهای ISSR 23

2-14-1 نحوه عمل نشانگر ISSR 24

2-14-2 منشا تغییرات چندشکلی در نشانگر ISSR 28

2-14-3 روش تشخیص نشانگر ISSR 30

2-14-4 زمینه کاربرد نشانگر ISSR 30

2-14-4-1 انگشت‌نگاری ژنومی 30

2-14-4-2 نقشه‌یابی ژنوم 31

2-14-4-3 برچسب‌زنی ژن و گزینش به کمک نشانگر 31

2-14-4-4 تعیین تناوب موتیف SSR 32

3-14-4-5 مطالعات در مورد انشعاب جمعیت‌های طبیعی 33

2-15 مروری بر پژوهش‌های انجام شده 34

فصل سوم 47

3-1 مواد گیاهی 47

3-2 مکان و زمان آزمایش 48

3-3 استخراج DNA ژنومی 49

3-3-3 ترکیبات بافر استخراج و ضرورت آنها 49

3-3-2 استخراج DNA 49

3-4 تعیین کیفیت و کمیت DNA 51

3-5 آغازگرهای مورد بررسی 52

3-6 واکنش زنجیره ای پلیمراز(PCR) 53

3-6-1 چرخه‌‌ی حرارتی دستگاه ترموسایکر 54

3-6-2 مشاهده محصولات PCR 54

3-7 تجزیه و تحلیل داده‌های مولکولی 55

3-7-1 امتیازبندی باندها 55

3-7-3 شاخص محتوای چند شکلی PIC 56

3-7-4 ضریب کوفنتیک 56

3-7-5 تجزیه به مولفه‌های اصلی 56

فصل چهارم 68

نتایج و بحث 68

4-1 داده‌های مولکولی 68

4-1-1 استخراج DNA 68

4-1-2 واکنش زنجیره‌ای پلیمراز(PCR) 69

4-1-3 تجزیه خوشه‌ای 71

4-1-4 نتایج حاصل از تجزیه به مختصات اصلی 78

4-1-5 محتوای اطلاعات چند شکلی(PIC) 79

فصل پنجم 74

5-1 نتیجه‌گیری 74

5-2 پشنهادات 75

منابع 78

جدول 2-1 ترکیبات شیمیایی موجود در دانه ذرت 10

جدول 2-2 ده کشور برتر تولیدکننده ذرت در جهان در سال 2012 11

جدول 2-3 مقایسه نشانگرهای مولکولی استفاده شده در اصلاح گیاهان 27

جدول 2-4 اسامی مترادف ISSR و تغییرات آن 28

جدول3-1 مشخصات لاین‌های‌خالص مورد استفاده 48

جدول 3-2 ترکیبات بافر استخراج CTAB 51

جدول3-3 مشخصات نشانگرهای مورد استفاده 52

جدول 3-4 غلظت و ترکیب مواد استفاده شده در واکنش PCR 53

جدول 3-5 چرخه‏های حرارتی واکنش زنجیره‏ای پلیمراز 54

جدول 4-1 شرایط بهینه شده واکنش زنجیره‌ای پلیمراز برای هر نشانگر 70

جدول4-2 میانگین درصد چندشکلی برای هر نشانگر 72

جدول 4-3 ضرایب کوفنتیک دندروگرام‏های مختلف 73

جدول 4-4 ترکیبات امید‌ بخش حاصل از اینبردلاین‌های مورد بررسی 75

جدول4-5 فاصله ژنتیکی جمعیت اینبرد لاین براساس ضریب تشابه تطابق ساده 77

جدول 4-6 میانگین محتوای اطلاعات چند شکلی (PIC) برای هر نشانگر 80

شکل2-1 انواع نشانگر 15

شکل 2-2ISSR-PCR ، نمایش اتصال پرایمر(AG)8 به DNA 26

شکل 4-3 چندشکلی حاصل از تکثیر با نشانگرUBC-818 در تعدادی ازلاین‌های‌خالص ذرت، M: نشانگر مولکولی bp1000 70

شکل4-4 دندروگرام حاصل از ماتریس تشابه تطابق ساده و الگوریتم دورترین همسایه با نرم‌افزار NTSYS. لاین شماره یک و دو به ترتیب عبارتند از B73 و Mo17 74

شکل4-5 هیبرید سینگل کراس کارون 701(نگارنده) 75

شکل4-6 هیبرید مبین (نگارنده) 76

شکل 4-7 پلات تجزیه به مولفه‌های اصلی برای 29 اینبردلاین ذرت 79

پیوست1- محلول تریس اسید کلریدریک 2 مولار(pH=8،(Tris-HCl 2M 91

پیوست2- محلول اتیلن دی آمین تترااستیک اسید 5/0 مولار(pH=8، EDTA 0/5M) 91

پیوست3- محلول کلرید سدیم 4 مولار(NaCl 4M) 91

پیوست4-بافر Tris-HCl-EDTA 91

پیوست5- بافر TBE 92

 
 
 
فصل اول
مقدمه و اهداف

1-1 مقدمه
ذرت بعلت داشتن هیدرات كربن زیاد و تولید علوفه بالا یكی از بهترین نباتات جهت مصرف در غذای انسان، علوفه جهت دام و مصارف صنعتی می‌باشد. این گیاه در مدت كوتاهی محصول تولید می‌كند. ذرت علوفه‌ای 4-3 ماه بعد از كاشت می‌تواند تا 90 تن در هكتار محصول بدهد. تاریخچه كشت ذرت در ایران زیاد نیست ولی در نتیجه توجه شایانی كه به امر دامپروری و پرورش طیور در كشور به عمل آمده و همچنین نیاز فراوان كارخانجات صنعتی به فرآورده‌های این گیاه و تولید فرآورده‌های فرعی و متعددی كه از ذرت بدست می‌آید باعث گردید كه سطح زیر كشت این گیاه به سرعت افزایش پیدا كند. شرایط آب و هوایی مناسب بالاخص مناطق جنوبی كه به احتمال زیاد مركز اولیه كاشت این گیاه در ایران بود نیز توسعه كشت این محصول را در كشور رونق داد. اهمیت فوق‌العاده ذرت در تامین غذای دام، پرندگان، مصارف دارویی و صنعتی باعث گردید كه در جهت بهبود تكنیك زراعت(به نژادی و به زراعی) آن در كشور اقدامات اساسی بعمل آید و این محصول بتواند پهنه آب و هوایی بیشتری از كشور را به خود اختصاص دهد)لطیفیان و محمدیان، 1389). ذرت از گیاهان زراعی مهم است که سطح وسیعی از اراضی قابل کشت را به خود اختصاص داده است(دهقان نیری و همکاران، 1384، کوتسیکا سوتیریو[1]،1999 و کریمی، 1383). طبق آمار سال 1392 خوزستان بالای 35 درصد از ذرت کشور را تولید می‌کند که 90 درصد این غله در